第一位创建噶陀寺庙的祖师法王如来大宝 噶·当巴仁波切的继位者─宗顿巴多杰健参 大师，弘扬噶陀教法，其密宗观修洁淨无垢十五地道功德圆满。他教化调伏解惑除惑之深刻，使众贤折服。护寺至九十岁，后传位于大成就 金刚手 菩萨的化身— 大密主 强巴崩。如当巴·仁波切预言一样：「 强巴崩 仅以静慈功业护持众生」，智修贤哲之功德圆满，剃度来自各地数千僧众，使新旧译密乘，尤其是以「经、幻、心」三部为主的教法得以弘扬，并使 莲花生 、 贝玛拉米札 、 毗卢遮那 等上师的教法如百川汇流。

在 强巴·仁波切剃度的各地僧众中有一位来自岭地的青年，名为嘛尼仁钦 ，被预言为 咕鲁法王的护法。他遵从上师强巴崩的教导，来到西藏拜 古汝却旺 伏藏大师为师，圆满听习深密伏藏的灌顶导引，得预言：「若与伏藏师的妹妹智慧空行母 贡卓崩 共同密修，对噶陀佛法有益无损。」于是二人一同前往噶陀，来到山下， 嘛尼仁钦 大师望著寺院内外十万僧众，心想：我带著一个女人，真应该忏悔，还是该感到羞耻。空行 贡卓崩 有大智他心通，觉得缘份还未成熟，立即化成一道虹光飞上天空，去往空行刹土。 嘛尼仁钦一急，伸手去抓她时，手中只抓到十三根头发。
　　 大成就者． 嘛尼仁钦 方才懊悔让善缘错过。嘛尼仁钦 在噶陀接受根本幻化和心识方面的教诲与听闻，并发展了 古汝 深密伏藏。后为法王祖孙修灵塔时，在寺角一石上留下足迹，并以袈裟当作翅如鸟般飞落对面小顶，在山上留下足迹（现在仍清晰可见）。后来 嘛尼仁钦 把十三根头发撒于噶陀左山岩角落，以后这里长出了许多 青杠 树。由此善缘，噶陀寺后世出现了诸多与十三有关的人事。其中有「噶陀十三上师世系」、「噶陀十三 仲巴 世系」、以及 「噶陀十三 莫扎 世系」 等。